Melkor estaba deseoso de encontrar Gondolin y liberó a Húrin de su cautiverio para que inconscientemente guiase a sus espías hasta la ciudad élfica. Cuando a Húrin se le denegó la entrada al valle, el Señor Oscuro apostó espías en el lugar en el que Húrin había requerido al rey Turgon. Y fue allí donde los orcos capturaron a Maeglin, a quien Melkor prometió que le entregaría a Idril, la hija del rey prometida a Tuor, a cambio de la localización exacta de Gondolin. Y fue así como se produjo una de las mayores traiciones de los Días Antiguos. Tras aceptar la oferta de Morgoth, no sólo para salvar su vida sino para poder conseguir a la mujer que amaba, Maeglin volvió a la ciudad y guardó silencio.

El año 510 de la Primera Edad, cuando Eärendil, hijo de Tuor e Idril, cumplía siete años, Morgoth lanzó a sus Balrogs, Orcos, Lobos y Dragones de la estirpe de Glaurung contra la Ciudad Escondida. El ejército se encaminó por las montañas septentrionales, las de mayor altura y menor vigilancia, y llegó al anochecer. La gente de Gondolin estaba apostada en los muros esperando el amanecer para festejar las llamadas Puertas del Verano, cuando divisaron una luz roja desde las colinas del norte y nada pudo evitar que el enemigo llegase hasta los propios muros de la ciudad.

Maeglin aconsejó al rey que resistieran dentro de la ciudadela, porque de esta forma se aseguraba que todos morirían en el asedio, y aprovechando el desconcierto en el ataque a la Puerta Norte, se hizo con Idril e intentó asesinar al pequeño Eärendil. Tuor luchó entonces contra Maeglin y tras romperle el brazo, lo lanzó contra las pendientes de Amon Gwareth, donde el traidor a su pueblo desapareció en las llamas que ardían en el fondo.

Se libraron grandes batallas dentro de Gondolin tales como la lucha entre Ecthelion de la Fuente y Gothmog, el señor de los Balrogs, en la Plaza del Rey, donde murieron ambos contrincantes; la defensa de la Torre de Turgon, hasta que fue derribada; o la propia muerte del rey Turgon. Según se cuenta en los más antiguos escritos, había cientos de Balrogs (iban cubiertos con armaduras de hierro y portaban látigos de llamas y tenazas de acero), y muchos de ellos cayeron bajo las armas de los Gondothlim. Los guerreros de la casa del rey dieron muerte a cuarenta, Ecthelion asesinó a tres antes de perecer en la batalla y Tuor segó la vida de cinco con su hacha Dramborleg, entre ellos a dos capitanes como Balcmeg y Othrod. Sin embargo, estos actos heroicos no fueron suficientes. El ataque de las fuerzas de Morgoth fue tan brutal que la ciudad y el reino fueron destruidos en tan sólo un día.

Tras derrotar a los defensores, los ejércitos de Melkor saquearon los tesoros de la ciudad, mientras Tuor y su familia, junto a los supervivientes, escapaban por un camino secreto que tiempo atrás había ordenado construir Idril. Antes de poder estar a salvo fueron sorprendidos por un balrog en una emboscada en Cirith Thoronath. Tuor y Glorfindel se enfrentaron a la gran bestia de Morgoth y tras una lucha feroz encontraron la muerte el guerrero elfo y el capitán de los Balrogs.

Los refugiados de Gondolin, ayudados por las grandes águilas de Thorondor, descendieron por el valle del Sirion y al año siguiente consiguieron llegar a la desembocadura del río, donde se unieron a las gentes de Elwing, hija de Dior. Un tiempo después, Eärendil y Círdan construyeron el barco Vingilot, con el que Eärendil viajó a Valinor para pedir la ayuda de los Valar en nombre de los Dos Linajes.